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高通量篩選案例:基于突變體文庫(kù)的無(wú)細(xì)胞表達(dá)篩選——phi29 DNA聚合酶

更新時(shí)間:2023-12-07      點(diǎn)擊次數(shù):1253



摘要


酶是自然界重要的功能蛋白分子,其催化活性在基因編輯及干細(xì)胞技術(shù)、靶向藥物的生產(chǎn)、食品工業(yè)、紡織工業(yè)、醫(yī)學(xué)診斷、藥物制備等領(lǐng)域都有著重要的作用。本文中,我們以phi29 DNA聚合酶為代表,利用無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù),搭建了高通量酶篩選平臺(tái)。結(jié)果顯示,在三天內(nèi),我們就完成了96個(gè)phi29 DNA聚合酶突變體的表達(dá),并對(duì)其活性進(jìn)行了檢測(cè),找到了較為高效的phi29 DNA聚合酶突變體。



近幾年,隨著AI技術(shù)的進(jìn)步,AI輔助蛋白設(shè)計(jì)正在逐漸成為現(xiàn)實(shí)。在AI的設(shè)計(jì)-構(gòu)建-測(cè)試-學(xué)習(xí)周期中,構(gòu)建和測(cè)試對(duì)AI的成長(zhǎng)有著極大的作用。


一般傳統(tǒng)的蛋白表達(dá)流程為:

利用半理性的方式完成突變體基因的構(gòu)建后,將構(gòu)建的基因搭載至質(zhì)粒上,再將質(zhì)粒轉(zhuǎn)化進(jìn)載體細(xì)胞內(nèi)。然后從涂布的平板上挑取單克隆進(jìn)行擴(kuò)大培養(yǎng),隨后可以得到表達(dá)突變體蛋白的細(xì)胞株。通過(guò)細(xì)胞株的擴(kuò)大培養(yǎng),之后裂解相應(yīng)細(xì)胞,即可得到含有目的突變蛋白的混合液。在此之后就可以進(jìn)行突變蛋白的純化和測(cè)試操作。該方法操作復(fù)雜且流程較長(zhǎng),如果目的突變蛋白對(duì)宿主細(xì)胞有毒害作用的話,可能會(huì)導(dǎo)致表達(dá)失敗。

對(duì)于這種高通量篩選來(lái)說(shuō),無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)顯然是一種更有效的選擇。無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù),利用裂解的生物體的生物質(zhì),如核糖體、轉(zhuǎn)錄翻譯酶等成分,再加入合適的能量氨基酸等支持體系,即可在體外借助加入的模板DNA,實(shí)現(xiàn)快速高效的蛋白表達(dá)。無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)可以有效地簡(jiǎn)化蛋白表達(dá)的操作,使其更易于匹配高通量的應(yīng)用場(chǎng)景。同時(shí)其快速表達(dá)的特點(diǎn),可以縮短蛋白表達(dá)的時(shí)間,有效縮短項(xiàng)目周期。




本文我們以phi29 DNA聚合酶為例子,利用無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù),在三天內(nèi)高效表達(dá)出了96個(gè)蛋白酶突變體,并檢測(cè)其活性。揭示了無(wú)細(xì)胞技術(shù)在蛋白酶及藥物高通量篩選中的潛在應(yīng)用。



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方法





突變引入及環(huán)化



我們選取了phi29DNA聚合酶的第221位和第350位氨基酸作為突變位點(diǎn)。先利用PCR的方式,將突變通過(guò)引物引入片段;再通過(guò)重疊PCR的方式整合突變片段。將整合好的目的基因片段和線性化的環(huán)狀片段通過(guò)seamless酶進(jìn)行連接,形成環(huán)化質(zhì)粒。

在此過(guò)程中,每次以質(zhì)粒為模板進(jìn)行PCR之后,使用Dpn I 酶37℃消化1h以去除原始模板。


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質(zhì)粒轉(zhuǎn)化并涂板





取5μL引入突變的質(zhì)粒,加入到100μL DH5α感受態(tài)細(xì)胞中,輕輕混勻,置于冰上30min。接著,將上述感受態(tài)細(xì)胞置于42°C水浴中,熱激90秒后迅速放回冰浴中,靜置3~5min;再將其加入到500 ul不含抗生素的SOC或LB培養(yǎng)液中,輕輕混勻,37°C震蕩培養(yǎng)1h。隨后,通過(guò)離心菌液(5000 rpm ,1min)沉淀菌體,再將大部分培養(yǎng)液移除,剩余約50-100μL的培養(yǎng)液后重懸菌體,最后,全部均勻涂布到含卡那霉素的LB平板上,在37°C培養(yǎng)箱中培養(yǎng)過(guò)夜。

 


挑取單克隆并保菌






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向96孔板中加入100μL含有卡那霉素的LB培養(yǎng)基,然后從LB培養(yǎng)板上挑取單克隆菌落加入96孔板中。再置于37℃的搖床中180rpm震蕩培養(yǎng)1h。

 


菌體PCR及高通量蛋白表達(dá)






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從震蕩培養(yǎng)1h的96孔板的每個(gè)孔中取出1μL培養(yǎng)基,作為模板加入PCR體系。在經(jīng)過(guò)適當(dāng)?shù)腜CR程序后,取5μLPCR反應(yīng)體系,作為模板加入無(wú)細(xì)胞表達(dá)體系中。表達(dá)4個(gè)小時(shí)后,即可在體系中產(chǎn)生目的蛋白酶——phi29 DNA 聚合酶。



活性測(cè)定




Phi29 DNA聚合酶的活性測(cè)定是利用聚合酶活性來(lái)擴(kuò)增綠色熒光蛋白基因的線性模板,通過(guò)最終產(chǎn)物綠色熒光的強(qiáng)度對(duì)phi29 DNA聚合酶的活性做出判斷。首先從最終的無(wú)細(xì)胞反應(yīng)體系中直接取出1μL的反應(yīng)上清液作為酶溶液加入到擴(kuò)增體系,該體系含有使phi29起效的緩沖液、綠色熒光蛋白基因的質(zhì)粒模板以及擴(kuò)增所需的引物。然后在42℃的條件下擴(kuò)增2h生成線性模板。最后取5μL的線性模板加入到終體積為50μL的無(wú)細(xì)胞反應(yīng)體系中,6小時(shí)后測(cè)定其熒光值,找出活性較強(qiáng)的phi29 DNA聚合酶突變體。



結(jié)果





活性結(jié)果




在激發(fā)波長(zhǎng)485nm發(fā)射波長(zhǎng)535nm的條件下,測(cè)定綠色熒光蛋白的熒光值。不同孔中的熒光值有明顯的不同,表明不同phi29 DNA聚合酶的突變體有不同的活性強(qiáng)度。



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突變測(cè)序




測(cè)定活性之后,從之前保存的96孔培養(yǎng)板上取活性強(qiáng)度較高的幾個(gè)孔位所對(duì)應(yīng)的菌體,擴(kuò)大培養(yǎng)后進(jìn)行測(cè)序操作。我們成功找到了在此板上活性強(qiáng)度的phi29 DNA聚合酶突變體。其在221位和350位的氨基酸組合如下所示。



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活性排名221350
1苯丙氨酸苯丙氨酸
2苯丙氨酸酪氨酸
3異亮氨酸蘇氨酸




結(jié)論





通過(guò)上述實(shí)驗(yàn),珀羅汀生物展示了一種運(yùn)用無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù),高通量篩選并驗(yàn)證突變蛋白的方法。該方法在3天內(nèi)完成了近百種突變蛋白的構(gòu)建表達(dá)及活性驗(yàn)證,顯著縮短了蛋白篩選的時(shí)間,減少了人工操作成本,提高了研發(fā)效率。

蛋白質(zhì)生物活性和穩(wěn)定性的不斷提升,對(duì)于蛋白類(lèi)產(chǎn)品在醫(yī)療、農(nóng)業(yè)、造紙、紡織、生物能源、家庭護(hù)理等方面推廣應(yīng)用,有著舉足輕重的作用。運(yùn)用無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù),能夠更高效快速地完成蛋白質(zhì)改造與篩選,縮短酶制劑、蛋白藥物等各類(lèi)蛋白產(chǎn)品的研發(fā)周期,降低研發(fā)成本,從而促進(jìn)新型重組蛋白、酶、抗體等蛋白產(chǎn)品的快速發(fā)展。

珀羅汀生物作為一家專(zhuān)業(yè)的無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)生物技術(shù)公司,將繼續(xù)利用無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)優(yōu)勢(shì),開(kāi)發(fā)更為廣泛的應(yīng)用場(chǎng)景。



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